واحد پذیرش زیر مجموعه بخش اداری در آزمایشگاه کنترل مواد غذایی می باشد. در این واحد کلیه نمونه های غذایی و آشامیدنی که ازمعاونت بهداشتی و شبکه های بهداشت و درمان شهرستان گناباد و بجستان و اداره نظارت بر مواد غذایی، آشامیدنی، آرایشی و بهداشتی به آزمایشگاه ارجاع داده می شود در صورت مطابقت با دستورالعمل نحوه پذیرش نمونه و لیست توانمندی های آزمایشگاه پذیرفته می شوند. پذیرش نمونه ها فقط از طریق سامانه شبکه ملی آزمایشگاهی (LIMS) صورت می پذیرد.
انجام کلیه امور مربوط به انبار نمونه های شاهد اعم از پایش شرایط محیطی و دستگاهی، انبارش و نگهداری نمونه ها، کد گذاری و ثبت در دفاتر نیز بعهده این واحد می باشد.